Das Verbandsgebiet umfasst das gesamte Einzugsgebiet der Werre in NRW.

Die Werre entspringt nordöstlich von Bad Meinberg in einer Höhe von 250 mNHN und mündet nach etwa 70 km östlich von Bad Oeynhausen in die Weser. Die Werre zählt zu den wichtigsten nordrhein-westfälischen Nebenläufen der Weser. Die drei wesentlichen Zuflüsse der Werre sind Bega, Aa und Else.

Ihr Einzugsgebiet umfasst das Gebiet nördlich des Teutoburger Waldes von Melle bis Horn-Bad Meinberg einschließlich des südwestlichen Teiles des Lipper Berglandes und des Ravensberger Hügellandes. Die nördliche Grenze bildet das Wiehengebirge. Die Größe des Einzugsgebiets beträgt 1.480 km², davon liegen 1.289 km² in Nordrhein-Westfalen und 191 km² in Niedersachsen.

Die Bereiche des niedersächsischen Teils des Einzugsgebietes werden vom Niedersächsischen Landesbetrieb für Wasserwirtschaft, Küsten- und Naturschutz (NLWKN) betreut.